Założycielem Liceum Krzemienieckiego był Tadeusz Czacki, wybitny działacz oświeceniowy, jeden z twórców Konstytucji 3 Maja. Pomysł utworzenia placówki poparli Hugo Kołłątaj oraz Adam Jerzy Czartoryski, piastujący stanowisko kuratora wileńskiego. Liceum mieściło się w dawnej siedzibie kolegium jezuickiego i na początku funkcjonowało jako Gimnazjum Wołyńskie; dopiero w 1919 roku car Aleksander I – fundator szkoły – podniósł jej rangę.

---

Ówczesne grono pedagogiczne skupiało intelektualistów pokroju Joachima Lelewela, Euzebiusza Słowackiego i Alojzego Osińskiego. Liceum mogło się poszczycić także doskonale wyposażonymi pracowniami, własnym obserwatorium astronomicznym i stacją meteorologiczną. Niektóre przyrządy (np. matematyczne) Tadeusz Czacki sprowadził z Paryża. Zatroszczył się też o to, by uczniowie mieli do dyspozycji ogród botaniczny i obszerną bibliotekę. Część przechowywanego w niej księgozbioru należała dawniej do króla Augusta Poniatowskiego.

Ze względu na swoją kadrę i wyposażenie, Liceum Krzemienieckie cieszyło się wielką renomą. Uczyli się w nim zarówno przyszli literaci, jak i inżynierowie, przede wszystkim zaś – patrioci. W 1831 roku, po upadku powstania listopadowego, władze rosyjskie zamknęły szkołę (oficjalnym powodem była epidemia cholery). Profesjonalne pomoce naukowe i księgozbiór wywieziono do Kijowa, gdzie zostały przejęte przez Uniwersytet św. Włodzimierza.

---

W 1922 roku Józef Piłsudski wydał dekret, nakazujący ponowne utworzenie Liceum Krzemienieckiego. Reaktywowana placówka godnie kontynuowała tradycje swojej poprzedniczki. Ciekawostką jest fakt, że w „Atenach Wołyńskich” wprowadzono wówczas tzw. plan daltoński, czyli system nauczania oparty na indywidualnym podejściu do ucznia. Szkoła została ponownie zamknięta w 1939 roku, po napaści Niemiec i Związku Radzieckiego na Polskę. Tym samym historia Liceum Krzemienieckiego ostatecznie dobiegła końca.

Jej ostatni akt miał miejsce właśnie 28 lipca 1941 roku, gdy doszło do mordu na nauczycielach szkoły. Za ten akt bestialstwa odpowiada niemiecka jednostka specjalna, powołana m.in. w celu zwalczania polskiej inteligencji – Einsatzkommando zur besonderen Verwendung. Jej dowódcą był Eberhard Schöngarth, którego wspierali oficerowie Hans Krüger, Walter Kutschmann, Felix Landau, Kurt Stawizki i inni. Ci sami ludzie odpowiadają za mord na profesorach lwowskich. Większość z nich nigdy nie poniosła odpowiedzialności za dokonane zbrodnie.