W październiku 2017 r. na zlecenie Stołecznego Konserwatora Zabytków przeprowadzono specjalistyczne badania odkrytego pochówka. Pracami kierowała prof. dr hab. Anna Drążkowska z Instytutu Archeologii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Po wyeksplorowaniu niszy i przeprowadzeniu inwentaryzacji okazało się, że jest tam znacznie więcej szczątków ludzkich niż przypuszczano. Odnalezione szczątki należą do, kilkunastu, co najmniej 13, dorosłych osób i kilkorga małych dzieci, w tym prawdopodobnie Ignacego Ossolińskiego. Przy kościach znaleziono również fragment historycznego ubioru z guzikami. W chwili obecnej szczątki są stosowanie zabezpieczone. W najbliższym czasie planowane jest przygotowanie odpowiedniej ekspozycji przedstawiającej min. pochówek Ignacego Ossolińskiego. Aranżacja przestrzeni będzie zgodna z charakterem krypty i z należytym szacunkiem dla wszystkich osób tam pochowanych.
W kościele znajduje się niezmiernie interesujący element wyposażenia, zlokalizowany w posadzce, przed łukiem tęczowym w nawie głównej. Jest to płyta żeliwna z herbem Ossolińskich – „Topór” i napis „Aedificat proprias hic ascia moesta ruinas”. Pod płytą znajduje się zejście do krypty grobowej. Jak sądzono do niedawna w krypcie miał zostać pochowany jedynie zmarły w 1755 r. Ignacy Ossoliński. Choć był zaledwie pięcioletnim dzieckiem, przysługiwał mu tytuł m.in. chorążego Dworu Królewskiego. Jak podają źródła jego szczątki zostały odnalezione w latach 70. XX w. podczas prac prowadzonych w podziemiach kościoła, w celu dostosowania ich na salkę dla ministrantów. Odnalezione szczątki wraz z trumienką zostały zamurowane. Podczas ostatniego gruntowanego remontu krypty w 2017 r. polegającego na skuciu zagrzybionych tynków i osuszeniu pomieszczenia, zauważono wtórne przemurowanie w ścianie zachodniej, za którym ukryte były schody prowadzące do wnętrza kościoła. Po rozkuciu kilku cegieł natrafiono również na ludzkie szczątki oraz cynową tablicę trumienną Igancego Ossolińskiego.
Jednakże to nie koniec zaskakujących odkryć.
za; http://zabytki.um.warszawa.pl/content/najstarszy-ko%C5%9Bci%C3%B3%C5%82-w-warszawie-500-lecie-kocio%C5%82-%C5%9Bw-jakuba-w-tarchominie